18世纪，在美利坚合众国成立之前，西蒙斯家族创立了一个以稳定社会秩序为目的的组织——“家族”，该组织通过强大的经济实力和社会关系左右着近代世界历史的进程。

20世纪末，德雷克.C.西蒙斯成为“家族”组织的领导者，是总统辅佐官兼任国家安全顾问。然而在与艾达.王相遇之后，席梦思平静的精神世界首次荡起了涟漪。他给予艾达这位优秀间谍极高的评价，为了实现自己的理想与野心，他向艾达下发了几个任务将她留在自己身边。但是在1998年的浣熊市事件后，艾达得知席梦思与毁灭浣熊市的“灭菌作战计划”息息相关，认为席梦思非常危险的艾达与他彻底断绝了联系。这个事实让席梦思第一次陷入了动摇，他认为艾达与自己都是稀世的天才，对艾达充满了扭曲的执着与爱意，完全无法接受艾达离开自己的事实。为了夺回艾达，席梦思启动了一个疯狂的计划

21世纪初左右，15岁就获得博士学位的卡拉.拉达梅斯被席梦思看中，收编进他的BOW研究团队。从2001年起，卡拉负责开发新病毒。在获得了被处理过的T-维罗妮卡病毒样本后，天赋异禀的她很快就研制出一种命名为“T-02”的新病毒。随后她尝试将G病毒与T-02病毒合成，并最终创造出了究极的病毒武器——C病毒。席梦思对卡拉的高智商与研究成果表示了赞赏，卡拉也因此一厢情愿地对席梦思产生了爱慕和憧憬，但对方只是单纯地将她当作工具一样利用而已。

时间回到2005年，已经成为BSAA顾问的瑞贝卡在美国明尼苏达州的罗切斯特城市遭到了生化恐怖袭击事件，救下了当地警察泰勒.霍华德。之后为了调查事件真相与寻找原安布雷拉研究员的父亲，泰勒抹去一切资料，假死成为合众国特务机关的特工。

2010年出生于传统军人家庭的皮尔斯.奈文斯以优异的成绩从军校毕业，之后因其出色的狙击能力而成为陆军特殊部队的一员，并在2010年被BSAA的克里斯看中受邀加入BSAA，成为以克里斯为首的Alpha小队中的一员。同年8月，位于澳大利亚西部的哲学大学爆发了生化恐怖袭击事件，在此授课的客座教授——BSAA的顾问瑞贝卡也被卷入了这次事件。随后瑞贝卡和赶来控制事态发展的BSAA队员克里斯与皮尔斯.奈文斯汇合。特工泰特.霍华德终于在哲学大学找到了因认定儿子死亡而陷入疯狂的父亲，无计可施的情况下，他只得在瑞贝卡等人的协助下消灭了校内的敌人，事件也就此得以解决。

随着时间的推移，“艾达”体内的卡拉人格逐渐复苏，致使卡拉对彻底否定自身价值与存在的席梦思产生憎恨，意识到爱慕的男人对自己所作出的罪恶行径，进而她开始决定向席梦思和这个世界展开复仇。卡拉先是秘密地建立了名为“新安布雷拉”的恐怖组织，继而开始招募属于自己的研发团队来进行病毒的研究工作。2011年6月11日，她以手下一名体质与C病毒高度适配的研究员为基础，制造出只听从她一个人命令的强力BOW——捕缚者（大佐）。

2012年卡拉潜入位于亚洲的马尔哈维学院，利用C病毒将名叫吉原娜娜的女学生变成了被称为“C-16”的实验体。由于发生了丧尸食人事件，BSAA的顾问道格.莱特带领自己的外甥瑞奇.胡泽受邀前往秘密调查。不愿将此事公布的学校理事长与道格产生分歧，道格只能暗中焚化感染学生的尸体。另一面，BSAA成员克里斯和皮尔斯以及梅拉.碧姬在某个任务结束后准备进行汇报，却无法与特别顾问道格.莱特教授取得联系。于是他们直接来到了道格任教的贝尼特大学，发现他并不在学校然后在偶然间接下食堂老板的委托，前往亚洲名门学校“马尔哈维学院”寻找他失踪的爱女吉原娜娜。道格教授在调查不久后因感染病毒而死于非命，变成丧尸，外甥瑞奇没办法只能亲手终结舅舅的生命。

当克里斯三人抵达该校时，意外发现校内已经爆发生化危机，紧急展开调查与镇压行动，最后得知罪魁祸首竟是校内的学生。原来家族破产而成为穷人的娜娜终日在学校被同学欺负，最终与好友比迪试图逃出校外并公布学院的黑暗与不公。然而却被人追上，争执中娜娜发生意外头部撞到石头而死，比迪则被带回学院。理事长隐瞒了事件真相，并对外宣称学生失踪。痛苦不已的比迪在卡拉的怂恿下，用病毒复苏了好友娜娜，开始对学校复仇。真相大白之后，比迪也给自己注射了C病毒，变异成怪物的比迪与克里斯展开了激烈的战斗。皮尔斯驱车到有信号的位置向BSAA总部申请支援，随后回到学校与众人汇合，合力击败了BOW娜娜与BOW比迪。然而在搭乘紧急逃生用直升机离开的过程中，梅拉为救皮尔斯而身亡。随后赶到的BSAA部队将整个现场清理，马尔哈维学院也因此关闭，死去学生的家长们在学院的遗址上立碑以示纪念。之后卡拉也满载实战数据回到了实验室，这些数据让卡拉得以带领手下完善了C病毒，并制造出完全变异种类的BOW——美人兽。

接下来的故事需要我们再次回到上世纪，1992年杰克.穆勒出生在极为贫穷的家庭里，自幼父亲行踪不明，母亲也体弱多病。母亲20岁的时候独自移居到美国而后又独自离开回到故乡生下杰克。由于家境困难，母亲拼命工作只能勉强维持生计，根本无法顾及自己的病症。当杰克长大成人，可以报答她时，母亲却在此时撒手人寰。他并不知道自己的生父是当年妄图毁灭世界的阿尔伯特.威斯克，也不清楚自己继承了什么样的特殊体质。2006年年仅14岁的杰克加入伊东尼亚共和工的佣兵部队，之后在一个老练的佣兵手下训练。这位杰克无比信任和尊敬的人其实是敌方的间谍，在三年后于南美的一次战斗中背叛了部队，令杰克所在的部队几乎全灭。这些经历导致杰克变得冷酷，从此只相信自己和金钱。

早在1998年开始被软禁的雪莉.伯金，直到政府确认阿尔伯特.威斯克于2009年死亡后，她才以成为特工为条件重获了自由，在席梦思的麾下效命。在软禁的过程中，克莱尔一直是她唯一的亲人。由于身上残留着G病毒，雪莉的肉体拥有强大的再生能力，她也比实际年龄看起来年轻不少。

为了进一步研究C病毒和制造出C疫苗，席梦思暗中派人调查并寻找阿尔伯特.威斯克的儿子杰克，此时BSAA也在寻找他的去向。不久之后席梦思得到情报确认杰克在移动尼亚。2012年12月，移动尼亚共和国爆发内战。雪莉奉席梦思的命令前往移动尼亚共和国，寻找拥有C病毒抗体的杰克并将他护送回美国。同时命令卡拉前往利用C病毒在当地的内战中制造混乱，协助雪莉寻找杰克并护送两人回国。但是已经对席梦思恨之入骨的卡拉并没有听从席梦思的命令，意识到杰克的重要性，她派出捕缚者对雪莉和杰克展开追击。

由于在战争中出现了BOW，时任BSAA北美分部的克里斯与皮尔斯率领部队前往支援战斗，其中还包括刚刚上战场的新人爆破兵费恩.马考利，同时也是克里斯的粉丝。由于反政府部队被卡拉以营养剂的名义注射了C病毒，进而成为Javo。久经沙场的克里斯带领队员们，不断取得胜利逼近敌方总部的市政厅。此时，美国特工雪莉终于找到了杰克，杰克由于体内的抗体在注入病毒后并未像其他人一样变异。向杰克说明来意之后，杰克通过雪莉向美国政府索要5000万美金，而雪莉也不得不答应。于是二人达成共识，准备前往逃离地点前往美国。正巧在路上碰上了BSAA部队，队长克里斯很快就认出来是雪莉。在汇合之后，众人协力战胜了眼前突如其来的BOW巨魔。随后克里斯派出直升机护送二人离开，当看到杰克的样子，克里斯突然有一种熟悉的感觉。

送走二人之后，克里斯率领小队进入市政厅。在这里他们遇到了自称“艾达.王”的卡拉，她向BSAA解释了反政府部队使用的是C病毒，而且他们背后有一个名叫“新安布雷拉”的组织支持。不明真相的BSAA就相信了卡拉的话，在卡拉的带领下走进了死亡陷阱。

搭乘BSAA运输直升机的雪莉刚刚与顶头上司席梦思取得了联络，捕缚者就很快再度追杀而来。结果在捕缚者率领下运输机严重损坏，为了掩护雪莉和杰克跳伞撤退，BSAA护送士兵壮烈牺牲。成功跳伞逃脱的二人，虽然雪莉被飞机残骸刺中背部，但是体内残留的G病毒让她拥有强大的再生能力，但是这个却对C病毒研究没有任何作用。而后他们找回失踪的数据资料，躲进山里的小屋暂避风雪，待雪停之后再想他法。不料Javo再度追杀至此，激烈的枪战很快引发了雪崩，两人驾驶雪地摩托逃进了冰窟。谁知道捕缚者在这里守株待兔，二人合力将捕缚者击倒。却在逃出冰窟的时候，雪莉被打晕在地，杰克也被按倒在地。这个时候，卡拉出现在二人的面前，她说出杰克是阿尔伯特.威斯克的儿子，这才让他继承了与众不同的血液。卡拉暗中背着席梦思将二人抓走，带到了拆哪。